یک اختلاف بنیادین بین شبیه ساز X-Plane و MFS وجود دارد و آن اینکه MFS بر پایه جداول جستجو کار می کند اما X-Plane بر پایه اطلاعات دو بعدی ایرفویل پرنده و مدل سه بعدی آن. این یعنی اینکه شبیه ساز MFS تنها پرنده هایی را می تواند با دقت شبیه سازی کند که قبلاً ساخته شده اند و اطلاعات جامعی از رفتار آن در دست است اما X-Plane می تواند ایده های ما را نیز شبیه سازی کند. بر همین اساس است که شبیه ساز X-Plane را می توان به عنوان یک ابزار مهندسی در طراحی وسایل پرنده در نظر گرفت که می تواند معادلات آیرودینامیک را با تقریب بصورت زمان واقعی حل کند. و همین تفاوت است که شرکتی مثل بوئینگ در مرحله طراحی مفهومی پرنده عمود پرواز (VTOL) از این شبیه ساز استفاده کرده است.
مزیت دیگر X-Plane که می تواند برای طراحان شبیه سازهای تجاری حائز اهمیت باشد، گواهینامه FAA این شبیه ساز جهت ساخت شبیه سازهای آموزشی می باشد.
تفاوت دیگر اینکه X-Plane باند پرواز شیب دار را شبیه سازی می کند اما FS2004 خیر و FSX را نمی دانم.
شبیه ساز X-Plane از Plugin پشتیبانی می کند و پارامترهای بسیار بیشتر از MFS در اختیار قرار می دهد این در حالیه که در شبیه ساز MFS این مهم بر عهده FSUIPC قرار گرفته که رسماً از طرف ماکروسافت پشتیبانی نمی شود. البته این نکته ناگفته نماند که در نسخه FSX و ESP با استفاده از Simconnect هم این کار انجام می شود که در مورد قابلیت های آن بنده اطلاعی ندارم.
و اما مزیت MFS نسبت به X-Plane توسعه دهندگان بسیار زیاد آن در سراسر دنیا است که X-Plane از آن تعداد محروم است.
